Dans un futur post-apocalyptique, une grande partie de la terre est couverte par la "mer de pourriture", une vaste forêt de champignons vénéneux qui ne cesse de s'étendre et menace de submerger même les dernières étendues de terre habitées par quelques humains. La forêt s'est formée après les "Sept jours de feu", une grande guerre qui a utilisé des guerriers artificiels géants, les titans. Depuis lors, la forêt n'a cessé de s'étendre et l'humanité a diminué. Bien que certaines inventions telles que l'aviation aient survécu, de nombreuses technologies d'autrefois ont été oubliées et les gens vivent dans des conditions modestes.
Beaucoup considèrent la forêt et les insectes géants qui y vivent, ainsi que l'ohmu, un isopode de la taille d'une maison, comme des ennemis mortels. Nausicaä est la princesse de la "Vallée des Vents", qui est protégée des spores de champignons par les vents soufflant de la mer. Elle a un sens particulier du contact avec les animaux et la nature et est également une aviatrice de talent. Elle examine les plantes de la forêt aux champignons et constate que leur poison provient du sol contaminé partout.