Après la mort de sa belle-sœur dans un accident de moto à Saïgon, Thien se voit confier la tâche de ramener son corps dans leur village natal. Il y emmène également son neveu Dao (5 ans), qui a miraculeusement survécu à l’accident...
Yeelen retrace un parcours initiatique à une époque non définie. Un jeune homme, Nianankoro, va recevoir le savoir destiné à lui assurer la maîtrise des forces qui l'entourent, cette connaissance que les Bambaras se transmettent depuis toujours...